Фамилия Шебекова — женская форма мужской фамилии Шебеков. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Основа фамилии — «Шебека». Это слово имеет несколько возможных значений, и чтобы понять, откуда пошла фамилия, нужно разобраться в её корнях.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В тюркских наречиях «шебек» или «шебека» могло означать «ребёнок», «дитя» или «малыш». Такое прозвище могли дать младшему в семье, позднему или очень маленькому ребёнку. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, где было сильное татарское и башкирское влияние, это слово могло прижиться и стать основой для прозвища, а затем и фамилии.

Вторая версия связана с морским делом. Шебекой называли небольшое парусное судно, распространённое в Средиземноморье в XVI–XVIII веках. В русский язык слово попало через итальянское «sciabecco» или французское «chabec». Если предок носителя фамилии имел отношение к судостроению, торговле или морским переходам, его могли прозвать Шебекой за сходство с кораблём или за профессию. Однако эта версия менее вероятна для массового бытования фамилии в центральной России — она скорее характерна для южных портовых городов.

Фамилия Шебекова встречается в основном в южных и центральных регионах России, а также среди татар и башкир. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в Самарской, Саратовской и Оренбургской губерниях. Поскольку фамилия заканчивается на -ов, а не на -ин или -ский, она относится к типично русским патронимическим фамилиям, но с явным тюркским следом в основе.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить, что Шебека — это вариант имени Шеба, но это слишком натянуто. Самая правдоподобная гипотеза — тюркское происхождение прозвища, которое дали по возрасту или внешности. Фамилия не является ни редкой, ни очень распространённой, но её носители могут с уверенностью считать, что их предки жили на стыке русской и тюркской культур, возможно, в среде казачества или крестьян-переселенцев.