Фамилия Шебека — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа не укладывается в привычные модели русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий. Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия, корни которой уходят либо в южнорусские говоры, либо в тюркские языки.

Самый прямой путь — разобрать слово «шебека» как лексическую единицу. В русских диалектах, особенно на юге и в казачьей среде, «шебекой» могли называть бойкого, шустрого человека, непоседу. В этом случае фамилия — типичное прозвище по характеру, данное родоначальнику. Гораздо интереснее вторая версия: в тюркских языках (например, в татарском, башкирском) «шебек» или «шебека» означает «мотылёк», «бабочка». Прозвище могло закрепиться за лёгким, порхающим человеком либо, напротив, за тем, кто любил ярко одеваться — «порхать», как мотылёк.

Словообразовательная модель фамилии — без суффикса, на чистое -а. Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где прозвище перешло в фамилию почти без изменений (сравните: Шевченко, Гуляка, Нечоса). В северных и центральных регионах России такую форму обычно «обрубали» суффиксом -ов, превращая в Шебеков. То, что мы видим именно Шебека, указывает на украинское или донское происхождение рода.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — Украина, особенно её восточные и южные области, а также юг России (Краснодарский край, Ростовская область). Единичные носители есть в Беларуси. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении или о том, что предки были из непривилегированных сословий (казаки, крестьяне), чьи фамилии редко попадали в метрики.

Спор о тюркском или славянском корне остаётся открытым. Но если учесть, что «шебека» в значении «мотылёк» — слово редкое даже в тюркских языках, а бойкий человек — понятный образ в любой деревне, версия с диалектным прозвищем выглядит чуть правдоподобнее. Однако для точного вывода нужно знать конкретную местность, откуда пошёл род.