Фамилия Шабека — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную звуковую форму. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её происхождение: перед нами либо украинская, либо белорусская фамилия, застывшая в виде чистого прозвища. В славянской ономастике такие фамилии характерны для западнорусских земель, где была сильна традиция называть человека по его характерному признаку без добавления патронимического окончания.

Основа фамилии — слово «шабека». В русских говорах так называли небольшую парусную лодку или барку, распространённую на Днепре и его притоках. Слово пришло из турецкого или итальянского (итал. sciabecco — тип судна), и в XVII–XVIII веках шабеки активно использовались запорожскими казаками и днепровскими рыбаками. Прозвище Шабека мог получить человек, связанный с речным делом: лодочник, перевозчик, рыбак или судовладелец. Вполне вероятно, что предок носителя этой фамилии был владельцем или кормчим на шабеке — отсюда и закрепившееся имя.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шабекать» (говорить невнятно, бормотать). В этом случае прозвище носило бы характер речевой особенности, но, учитывая конкретность предметного значения «лодка», первая гипотеза выглядит убедительнее. Фамилия не имеет отношения к географическим названиям: топонимов с корнем «шабек-» в славянском ареале практически нет.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — Украина (особенно Черкасская и Киевская области) и юг Беларуси, что совпадает с историческими путями днепровского судоходства. В России фамилия единична и, скорее всего, занесена переселенцами с Украины. Сословной принадлежности угадать не получится: носителями могли быть как казаки, так и крестьяне, связанные речным промыслом. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок человека с фамилией Шабека имел прямое отношение к воде и лодкам.