Основой фамилии Шабеко послужило мирское имя Шабек. Скорее всего, фамилия Шабеко образована от тюркского имени Шадибек, которое в переводе на русский язык означает «радость господина». Постепенно под влиянием украинского языка произошло стяжение имени, в результате чего оно приобрело форму Шабек. Суффикс –о также указывает на украинское происхождение фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шабек, со временем получил фамилию Шабеко.