Фамилия Шебеко, вероятно, является фонетическим вариантом белорусской фамилии Шыбека (Шабека). В основе фамилии — аналогичное прозвище, которое восходит к белорусским словам «шыбаць» - «идти быстро», «шыбкi» - «идущий быстро». Соответственно, прозвище Шебека мог получить тот, кто быстро ходил. По другой версии, фамилия Шебеко имеет тюркское происхождение. Возможно, она связана с тюркским мужским именем Шадибек, которое означает «радость господина». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шебека, со временем получил фамилию Шебеко.