Фамилия Шебеку — редкий случай, когда написание сразу подсказывает регион происхождения. Она застыла в форме родительного падежа единственного числа, характерной для фамилий украинского, белорусского или польского ареала. В русской традиции фамилии на -у почти не встречаются; если бы предок был из северных или центральных губерний России, фамилия скорее получила бы суффикс -ов или -ин. А здесь — чистая юго-западная модель: прозвище или имя записали как «чей?» — Шебеку, то есть «сын (или человек) Шебека».

Основа фамилии — прозвище Шебек. Наиболее вероятное объяснение: от глагола «шебекнуть» (ударить, стукнуть, иногда — резко сказать) или от существительного «шебек» в значении «удар, щелчок». В украинских и белорусских говорах такое прозвище могли дать человеку с резкими движениями, вспыльчивому, либо тому, кто работал с ударными инструментами — например, кузнецу или плотнику. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «шебек» (разновидность лодки или судна), однако для фамилии, бытующей среди славянского населения, глагольная версия убедительнее.

Суффикса в привычном смысле здесь нет — окончание -у выполняет грамматическую роль. Это так называемая «усечённая» фамилия, которая не меняется по падежам (как, например, Ковальчук или Дятел). Встречается она в основном на западе Украины, в Беларуси и в пограничных районах Польши, но носители могли разойтись и по другим регионам в ходе переселений XIX–XX веков.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шебеков, Шебекин, Шебеко — показывает, что вариант Шебеку остался самым архаичным. Он не подвергся русификации, сохранив местную грамматическую форму. Если предки носили эту фамилию, они, скорее всего, жили в среде, где украинский или белорусский язык оставался основным, а официальная запись делалась по местным канцелярским правилам.