Фамилия Шебкова — женская форма, а мужская — Шебков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шебко. Такие имена на -ко в XVI–XVII веках были особенно распространены на западе и юге России, на украинских и белорусских землях, откуда фамилия и могла прийти в центральные области.

Корень «шеб-» неоднозначен. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «шебать» — швырять, бросать, бить. В некоторых говорах «шебать» означало «чесать (лён)», «трепать». Тогда Шебко — прозвище человека порывистого, драчливого или, наоборот, работящего, занятого обработкой льна. Менее убедительна гипотеза о связи с тюркским «шебек» — «мотылёк»: прозвища по насекомым в русской традиции редки, а фамилия Шебков встречается в основном в русских регионах, а не в тюркоязычной среде.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на твёрдый согласный. Форма Шебкова закрепилась в женском роде по той же модели, что Петров — Петрова, Иванов — Иванова. Ударение в фамилии обычно падает на первый слог: Ше́бкова, хотя в южных говорах можно услышать и Шебко́ва.

В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами. Среди Шебковых не было известных дворянских родов, внесённых в родословные книги, — фамилия оставалась крестьянской и городской. Географически она тяготеет к Поволжью и Центральной России, особенно к Пензенской, Тамбовской и Нижегородской губерниям.

По данным современных телефонных справочников, Шебковы чаще всего встречаются в Пензенской области и Мордовии. Это косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой именно этих мест.