Фамилия Шебештейн — одна из тех, чей корень не лежит на поверхности и требует лингвистической разминки. В русском языке она звучит нехарактерно, и это подсказка: перед нами фамилия не славянского, а, скорее всего, еврейского (ашкеназского) происхождения. Её основа — немецкое или идишское слово «Stein» (камень). Первая часть, «Шебе», может восходить к личному имени Шева (уменьшительное от Шевель, народная форма библейского Шевы) или к идишскому глаголу «шабен» (толочь, дробить). В таком случае фамилия могла означать «камень Шевы» или, что вероятнее, быть прозвищем камнетёса, дробильщика камня — человека, который работал с камнем.

Модель образования здесь типична для немецко-еврейских фамилий XVIII–XIX веков, когда в Австро-Венгрии и Германии евреям предписали взять постоянные фамилии. Часто их составляли из двух частей, где вторая указывала на предмет или явление, а первая — на качество, имя или занятие. «Штейн» в таких фамилиях (сравните: Гольдштейн, Зильберштейн, Розенштейн) — один из самых частых компонентов. Фамилия Шебештейн могла возникнуть в Галиции или Буковине, регионах, где смешивались немецкие, польские и еврейские языковые традиции.

На русскую почву фамилия попала, скорее всего, с волной миграции еврейского населения в конце XIX — начале XX века. В документах её могли записывать на слух, из-за чего возможны варианты: Шебештин, Шебестайн, Шебиштейн. Суффикс -штейн остался без изменений, так как в русском языке он не склоняется как типичная славянская фамилия, что ещё раз подчёркивает её инородное происхождение.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству. Носители Шебештейн в Российской империи — это в основном мещане и ремесленники, записанные в черте оседлости. Если отталкиваться от прозвища «дробильщик камня», предки могли быть строителями, каменщиками или мастерами по изготовлению жерновов. В словаре еврейских фамилий Бейдера эта фамилия не упоминается как распространённая, что говорит о её редкости и локальном бытовании.