Фамилия Шеболдим — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а глагольная форма, сохранившая повелительное наклонение. В русских фамилиях такие модели встречаются, но нечасто: вспомните Болдырев (от «болдырь» — метис) или Держинский, но Шеболдим стоит особняком.

Разбираем слово: «шеболди» — это форма повелительного наклонения от глагола «шеболдить». В диалектах, особенно северных и сибирских, этот глагол означал «болтать, пустословить, трепать языком», а также «шевелиться, возиться, делать что-то несерьёзно». Прозвище Шеболда давали человеку суетливому, говорливому, непоседливому. Фамилия же застыла в форме приказа: «Шеболди!» — то есть «болтай, мельтеши». Суффикс -им здесь необычен: он мог возникнуть из прозвища в родительном падеже множественного числа (от «Шеболда» — «из Шеболд»), но скорее всего это усечённая форма от полного прозвища «Шеболдим» — так могли звать того, кого постоянно понукали: «Ну, шеболди!».

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Уралу — регионам, где диалектная лексика сохранялась дольше. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Шеболда, но в фамильном варианте Шеболдим — единичные записи. Социально это однозначно крестьянская среда: прозвища с глагольной основой давали в сёлах, где человека характеризовали по поведению, а не по роду занятий.

Есть и другая, менее правдоподобная версия: от тюркского «шеб» (ночь) и «олды» (он стал) — но это натяжка, так как окончание -им нехарактерно для тюркских заимствований в русских фамилиях. Скорее всего, перед нами чисто русская диалектная форма, где прозвище превратилось в фамилию без дополнительных суффиксов, что указывает на её древность — такие фамилии редко переделывали под стандартные -ов или -ин.