Фамилия Шеботинов — одна из тех, где на первый взгляд корень кажется тёмным, но при внимательном разборе открывается довольно прозрачная картина. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Шебота, а фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом принадлежности -ин: Шебота → Шеботин → Шеботинов. Двойной суффикс — сначала -ин, потом -ов — встречается реже, чем простой, но в истории русских фамилий такое наращение случалось: когда первоначальная форма на -ин (Шеботин) со временем получила более распространённое окончание -ов, характерное для многих фамилий Центральной России.

Что означает само слово «шебота»? В народных говорах, особенно южнорусских и украинских, шеботать — значит суетиться, хлопотать без толку, говорить быстро и сбивчиво, тараторить. Отсюда шебота — суетливый, непоседливый человек, либо тот, кто быстро и невнятно говорит. В диалектах встречается и значение «мелкая, суетливая работа», «хлопоты». Таким образом, первый носитель прозвища Шебота, скорее всего, получил его за характер — за беспокойный нрав или манеру речи.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия, связанная с профессиональной сферой. В некоторых областях «шеботить» могли называть действие по обивке, отделке чего-либо — например, обивку мебели или подбивку валенок. В этом случае Шебота — ремесленник, занимавшийся такой работой. Однако это значение менее распространено, и основным остаётся характеристика человека по поведению.

Географически фамилия Шеботинов тяготеет к регионам, где были сильны говоры с характерным чередованием и активным суффиксом -ота для образования прозвищ: это юг России, Поволжье, а также территории, граничащие с Украиной. Встречаются и однокоренные фамилии — Шеботин (без наращения), Шеботаев, Шеботов. Все они восходят к одному и тому же гнезду, и разница лишь в том, какой суффикс закрепился в конкретной семье при оформлении фамилии в XIX веке.

Сословной привязки у Шеботиновых нет: прозвище Шебота могли дать и крестьянину за его непоседливость, и ремесленнику за род занятий. Фамилия не относится к числу аристократических, но и не указывает на какое-то узкое социальное дно — это типичная фамилия-характеристика, каких в русском ономастиконе большинство.