Фамилия Шеботинова — женская форма мужской фамилии Шеботинов. В русской традиции такие фамилии образуются от отчества или прозвища отца при помощи суффикса -ов/-ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа «Шеботин» плюс суффикс -ов даёт Шеботинов. Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть отвечающая на вопрос «чей?»: сын или потомок Шеботина.

Сама основа «Шеботин» происходит от прозвища или нецерковного имени Шебота. В русских говорах слово «шебота» имело несколько значений. Наиболее вероятное — «суета, хлопоты, беспокойство». Так могли прозвать непоседливого, суетливого человека, который постоянно в движении. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «шеботать» — хлопотать, суетиться, а также «шеботнуть» — толкнуть, пнуть ногой. Таким образом, прозвище Шебота могло относиться к человеку с живым, беспокойным характером.

Менее распространённая, но возможная версия связывает «шеботу» с диалектным названием обуви — «шеботы» (род башмаков или чоботов). В этом случае прозвище мог получить сапожник или тот, кто носил такую обувь. Однако первая версия — от характера — выглядит более правдоподобной, так как прозвища по поведению давали чаще, чем по предмету гардероба.

Фамилия Шеботинов встречается нечасто. Географически она тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к бывшим территориям Тамбовской и Рязанской губерний, где диалектное слово «шебота» было в ходу. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно в крестьянском и мещанском сословиях, что типично для фамилий, образованных от простонародных прозвищ.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шеботин, Шеботаев, Шеботов — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Форма Шеботинов — самая полная и «отчественная», закрепившаяся как фамилия в официальных документах после отмены крепостного права, когда крестьянам массово записывали фамилии по отцу.