Фамилия Шебуняев является самобытным памятником славянской культуры. Фамилия Шебуняев образована от прозвища Шебуняй. По одной из версий, оно ведет свое начало от глагола «шебунять», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «ковырять, копаться», а также «кое-чем перебиваться». Вероятно, Шебуняем прозвали либо земледельца, либо того, кто занимался кропотливой работой, либо бедного человека. Согласно другой гипотезе, прозвище Шебуняй этимологически связано с нарицательным «шебуня» - так в вологодских говорах называли шубу, овечий тулуп. В таком случае прозвище Шебуняй, скорее всего, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии. Так и прозвище Шебуняй закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шебуняев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шебуняй, со временем получил фамилию Шебуняев. Безусловно, фамилия Шебуняев представляет собой замечательный памятник славянской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Шебуняев можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.