Фамилия Шебуняев образована от прозвища Шебуняй. По одной из версий, оно ведет свое начало от глагола «шебунять», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «ковырять, копаться», а также «кое-чем перебиваться». Вероятно, Шебуняем прозвали либо земледельца, либо того, кто занимался кропотливой работой, либо бедного человека. Согласно другой гипотезе, прозвище Шебуняй этимологически связано с нарицательным «шебуня» - так в вологодских говорах называли шубу, овечий тулуп. В таком случае прозвище Шебуняй, скорее всего, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии. Так и прозвище Шебуняй закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шебуняев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шебуняй, со временем получил фамилию Шебуняев.