Фамилия Шеденков образована от прозвища Шеденок через патронимический суффикс -ов, что буквально значит «сын Шеденка». Сама основа Шеденок — это уменьшительная форма от прозвища Шеда или Шедь, которое, скорее всего, восходит к диалектному слову «шедь» — так в некоторых русских говорах называли щепку, занозу, а также худого, щуплого человека. В этом случае Шеденком могли прозвать кого-то маленького ростом, сухощавого или, в переносном смысле, колкого, неспокойного по характеру.

Есть и другая, менее очевидная версия. В основе может лежать тюркское имя Шеден (вариант Шаден — «радостный», «веселый»), которое в XVI–XVII веках встречалось в среде служилых татар и переходило в русские фамилии через прозвища на -ок. Однако для фамилии Шеденков эта гипотеза слабее, так как суффикс -енок типичен для восточнославянской ономастики и чаще всего означает «детёныш» или «малый» от прозвища, а не заимствование целого имени.

Исторически фамилия Шеденков закрепилась в южнорусских и центральных регионах, особенно в Курской, Орловской и Воронежской губерниях, где были распространены прозвища на -ок и -енок. В переписных книгах XVII века встречаются однокоренные фамилии — Шеденковы, Шеденковы, а также Шедаковы, что указывает на общую основу. Сословно носители фамилии были, как правило, крестьянами или однодворцами — государственными земледельцами, нёсшими пограничную службу.

Словообразовательная модель Шеден-к-ов редка: суффикс -енок в основе прозвища (Шеденок) со временем упростился до Шеденк-, а затем добавился родовой суффикс -ов. Такая двойная суффиксация — характерная черта «младших» фамилий, которые окончательно оформились в XVIII–XIX веках. Таким образом, Шеденков не древняя боярская фамилия, а типичная поздняя крестьянская, сохранившая в себе живое прозвище по внешности или характеру предка.