Фамилия Шэфэр — редкий пример, где написание почти полностью сохраняет звучание исходного немецкого слова. В русском языке она встречается в единичных случаях, и её появление почти наверняка связано с переселением носителей немецкой фамилии Schäfer на территорию Российской империи. Корень здесь прозрачен: немецкое Schäfer — это «пастух» (буквально «овечий пастух», от Schaf — «овца»). В отличие от многих фамилий, которые при адаптации русифицировались (Шафер, Шефер), вариант Шэфэр пытается передать оригинальное произношение через букву «э» и твёрдый «р».

Словообразовательная модель проста: это чистая транслитерация немецкой фамилии без добавления русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Такое встречается у фамилий немецких колонистов, особенно в Поволжье, на юге Украины и в Закавказье, где в XVIII–XIX веках существовали компактные поселения. Если предки носителя фамилии Шэфэр жили в России, то с высокой вероятностью они были потомками приглашённых Екатериной II колонистов-земледельцев или ремесленников. Сама профессия пастуха в немецкой среде была массовой, поэтому фамилия Schäfer — одна из самых распространённых в Германии, наравне с Мюллером (мельник) и Шмидтом (кузнец).

Написание с твёрдым знаком (Шэфэръ) в дореволюционных документах могло бы указывать на мужскую форму, но современный вариант без «ъ» — результат орфографической реформы 1918 года. Интересно, что в русском языке существует близкая по звучанию, но иная по происхождению фамилия Шафер (от идиш שפֿער — «шафер», свидетель на свадьбе), и их иногда путают. Однако Шэфэр — это почти всегда германский след, а не еврейский.

Встречаемость фамилии в современной России минимальна. По данным открытых источников, она фиксируется в единичных записях, преимущественно в крупных городах, куда миграция XX века стёрла региональную привязку. Учитывая редкость, каждый носитель фамилии Шэфэр с большой вероятностью может восстановить свою генеалогию по немецким колонистским спискам или церковным книгам лютеранских приходов — там эта фамилия не редкость.