Фамилия Шефрукова — женская форма фамилии Шефруков. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или неканоническому имени Шефрук. Слово «шеф» в русском языке закрепилось довольно поздно, в XVIII–XIX веках, из французского chef («начальник, глава»). Но в фамилиях, образованных от прозвищ, «шеф» могло означать не просто начальника, а человека, который ведёт себя важно, командует, или, наоборот, того, кто работает «при шефе» — помощника, доверенное лицо.

Однако более вероятно, что корень здесь не заимствованный, а исконный, диалектный. В южнорусских и украинских говорах встречается слово «шефрук» — так называли шустрого, вертлявого человека, непоседу или того, кто «шефырит» (суетится, быстро делает дела). Суффикс -ук/-юк характерен для украинских и белорусских фамилий, указывая на принадлежность к роду: Шефрук — «сын или потомок Шефа» (если Шеф — сокращение от имени или прозвища). В фамилии Шефрукова мы видим русский суффикс -ов, который присоединился к основе на -ук, что типично для фамилий, русифицированных при переезде носителей в центральные или северные регионы России.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зоне активного смешения русского и украинского населения. Предки Шефруковых могли быть крестьянами или мещанами, получившими прозвище за характер: бойкий, суетливый, «шефыристый». Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским «шеф» (шаф) — «красивый, статный», но в сочетании с суффиксом -рук это даёт натянутую конструкцию.

Таким образом, Шефрукова — фамилия с яркой диалектной окраской, указывающая на прозвище предка, который либо был расторопным и деятельным человеком, либо носил неофициальное имя Шеф. Написание с буквой «ё» (Шефрукова) встречается в документах реже, чем с «е», но произносится всегда с ударением на второй слог: Шефру́кова.