Фамилия Шеинцев — наглядный пример того, как один и тот же корень может породить разные фамилии в зависимости от того, с какой территории и из какой социальной среды вышел человек. Первое, что бросается в глаза — суффикс -цев. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов или -ин, и указывает на происхождение от названия населённого пункта или от прозвища, которое закрепилось за родом в виде указания на принадлежность: «чей?» — Шеинцев, то есть потомок Шеинца.

Корень Шеин- прочитывается двояко. Самая очевидная версия — от слова шея. В старину прозвище Шея давали человеку с длинной, короткой или толстой шеей, либо тому, кто имел привычку вытягивать шею. От этого прозвища пошли фамилии Шеин, Шеев, а Шеинец — это, скорее всего, житель деревни Шеино или выходец из семьи Шеиных, которого в другом селе называли «шеинец», то есть «наш, из рода Шеиных». Суффикс -ец в этом значении типичен для северных и сибирских говоров, где так обозначали переселенцев: «вятский» — выходец с Вятки, «шеинец» — из Шеиных.

Вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование — связь с диалектным глаголом шеить (шить, сшивать) или существительным шейка (перешеек, узкая полоса земли). В этом случае Шинец (а через «е» — Шеинец) могло быть прозвищем портного или человека, жившего на перешейке. Однако фонетически форма «Шеинец» ближе именно к «шея», поскольку для «шитья» более характерна основа «шв-» или «ши-» (Швецов, Шитов).

В любом случае, фамилия Шеинцев — вторичная, образованная не напрямую от прозвища, а от уже готовой фамилии или топонима. Это значит, что первые носители фамилии были либо крестьянами, переселившимися из села Шеино (такие названия встречаются в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях), либо детьми человека по прозвищу Шеинец, которое, в свою очередь, означало «пришлый из Шеиных». В документах фамилия встречается с XVIII века преимущественно в центральных и северных уездах России, что подтверждает её «географический» характер.