Фамилия Шеканкова — это женская форма, а её исходный мужской вариант — Шеканков. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Шекан, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «шекан» — так в некоторых русских говорах называли щенка, молодую собаку. Прозвища от названий детёнышей животных были распространены на Руси: их давали либо невысокому, юркому человеку, либо, напротив, тому, кто вызывал раздражение или насмешку своей неопытностью.

Модель образования простая: к основе Шекан- добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, что буквально означает «сын Шекана» или «из семьи Шекана». Такая схема (прозвище + -ов) — самая массовая в русских фамилиях, она закрепилась в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей. Фамилия Шеканков, таким образом, указывает на то, что предок носителя впервые получил уличное прозвище Шекан, которое затем перешло к потомкам как родовое имя.

Интересно, что в некоторых регионах слово «шекан» могло иметь и другое значение: например, в псковских и тверских говорах так называли щеголя, франта. Если это так, то прозвище Шекан отражало не внешность, а характер — человека, который любил наряжаться и обращать на себя внимание. Обе версии правдоподобны, но первая (связь со щенком) встречается в ономастике чаще: подобные «зооморфные» прозвища давали без особой злобы, скорее как бытовую кличку.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным областям России. В документах XIX века Шеканковы встречаются в Тверской и Псковской губерниях, что косвенно подтверждает диалектную основу. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия — дворянские роды с таким корнем не зафиксированы.

Фамилия редкая, поэтому её носители могут проследить историю по семейным преданиям или архивным записям. В отличие от распространённых Ивановых или Кузнецовых, Шеканковы сохраняют связь с конкретным местным словом, которое почти вышло из употребления.