Фамилия Шехоткина (мужская форма — Шехоткин) образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который в восточнославянской традиции присоединялся к основам на -а, -я. Такая модель указывает на принадлежность: Шехоткин — «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Шехотка. Основа фамилии — слово «шехотка» (или «шехоток»), которое в русских говорах, особенно в южнорусских и среднерусских, имело значение «шелуха, кожура, мелкая стружка, отходы». В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «шехотить» — «драть, лупить, шелушить». Соответственно, прозвище Шехотка мог получить человек, занимавшийся очисткой зерна, лущением круп или, возможно, плотник, снимавший кору с деревьев.

Версия с прозвищем от слова «шехотка» — самая прямая и правдоподобная. Реже встречается предположение, что основа восходит к диалектному «шёхот» — «шум, гам, возня», но это менее вероятно, так как активное словообразование в русских фамилиях обычно шло от конкретных, «вещных» прозвищ, а не от абстрактных. Географически фамилия Шехоткин встречается в основном в центральных областях России, особенно в Тульской, Рязанской и Калужской губерниях, что совпадает с ареалом бытования южнорусских говоров, где слово «шехотка» было в ходу.

Крестьянское происхождение фамилии подтверждается и способом её образования: суффикс -ин в сочетании с прозвищем на -ка типичен для простонародной среды, а не для дворянских родов, которые чаще использовали суффикс -ов/-ев. Таким образом, предки Шехоткиных — скорее всего, крестьяне, ремесленники или мелкие торговцы, связанные с обработкой сельскохозяйственной продукции. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется как Шехоткин, без вариантов с «я» или «ё», что говорит о её устойчивом написании.