Фамилия Шекимов — наглядный пример того, как прозвище, связанное с внешностью или манерой поведения, превратилось в наследственное родовое имя. Её основа — слово «шека», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое, прямое — щека, часть лица. Второе, переносное — нахальный, самоуверенный человек, «щекастый» в смысле дерзкий. Поэтому первый носитель прозвища Шека мог быть либо человеком с очень крупными или приметными щеками, либо тем, кого окружающие считали наглецом.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе «Шек-» добавили суффикс принадлежности «-имов». Это редкий вариант суффикса «-ов», возникший под влиянием местных говоров или при письменной фиксации фамилии. Чаще встречается форма Шеков, но Шекимов сохранила архаичный оттенок: суффикс «-им» характерен для кратких притяжательных прилагательных старого образца (сравните с фамилиями Шаримов, Гладимов). Таким образом, Шекимов буквально означает «сын или потомок Шеки».

Фамилия редкая и нечастотная. В дореволюционных справочниках и переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Вероятнее всего, она возникла в среде крестьян или посадских людей на севере или северо-востоке России, где говоры дольше сохраняли старые суффиксальные формы. Не исключено, что в основе лежит не русское, а тюркское слово «шек» (граница, предел) — тогда Шекимов мог означать «потомок пограничника» или «человека с границы». Но тюркская версия слабее: для неё нет убедительных параллелей в русской ономастике, а прозвища от частей тела и характера — один из самых распространённых пластов.

Сословная принадлежность предков Шекимовых, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной — её можно встретить в Поволжье и некоторых областях Центральной России.