Фамилия Шекимова — женская форма фамилии Шекимов, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: фамилию образовали от имени или прозвища предка, добавив притяжательный суффикс, который отвечал на вопрос «чей?». То есть Шекимов буквально означал «сын Шекима» или «человек из рода Шекима».

Основа — Шеким — нестандартна и редка. В русском языке нет распространённого слова «шеким», поэтому корень, скорее всего, нерусский. Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам, где слово «шекем» или «шеким» могло означать «терпеливый», «выносливый» или «крепкий». В татарском, башкирском и казахском языках есть корни с похожим звучанием, связанные со спокойствием и стойкостью. Если предок носителя фамилии был татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, то прозвище Шеким могло характеризовать его характер: человек, который не сдаётся, терпит лишения.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с личным именем Шеким. В среде крещёных татар или народов Поволжья встречались имена, которые при русификации давали такие фамилии. Однако в крещальных святцах имени Шеким нет, так что это, скорее, дохристианское или мусульманское имя, которое позже оформили в фамилию.

Географически фамилия Шекимов (и Шекимова) тяготеет к Поволжью и Уралу. В метрических книгах XIX века носители встречаются в Казанской, Симбирской и Оренбургской губерниях — как раз в зоне активного смешения русского и тюркского населения. Социальный состав был смешанным: среди Шекимовых были и государственные крестьяне, и мещане, но почти не встречалось дворян, что подтверждает «народное» происхождение от прозвища.

Таким образом, фамилия Шекимова — это память о предке с тюркским корнем, которого за стойкость или характер прозвали Шекимом. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, имеют корни в Поволжье или на Урале, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы.