Фамилия Шекка — редкий случай, когда фамилия почти наверняка не русская по происхождению, но при этом органично вписалась в русскую ономастику. В ней нет типичных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иную языковую среду. Скорее всего, перед нами пример фамилии, застывшей в форме исходного прозвища или имени.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с итальянскими корнями. В итальянском языке «secca» (женский род) или «secco» (мужской) означает «сухой», «высохший», «тощий». Прозвище Secca могли дать человеку худощавого телосложения, либо, в переносном смысле, — сухому, неэмоциональному или язвительному в общении. В южных регионах Италии, особенно на Сицилии, слово «secca» также обозначает мель или отмель — прозвище могло относиться к рыбаку или лодочнику, хорошо знающему опасные места. С учётом того, что в XIX веке в Российской империи работало много итальянских архитекторов, музыкантов и торговцев, фамилия могла попасть в русскую среду именно таким путём.

Есть и альтернативная, менее распространённая гипотеза: фамилия могла возникнуть в среде поволжских немцев или прибалтийских шведов. В немецких диалектах «Schäcke» (произносится близко к «Шекке») — уменьшительное от имени Иоганн или прозвище весельчака. Однако написание «Шекка» с двойным «к» и ударением на последний слог (если оно закрепилось) больше характерно для итальянской передачи звука.

В русском контексте фамилия не склоняется по падежам как типичная русская: «я встретил Шекку», «поговорил с Шеккой». Судя по данным открытых источников, носители фамилии встречаются в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически были сильны южноевропейские диаспоры.

Однозначной этимологии у фамилии нет, но именно эта неоднозначность и делает её ценной для исследователя. Шекка — не «крестьянская» и не «дворянская» фамилия в привычном русском понимании, а скорее след миграции мастерового или торгового люда из Средиземноморья.