Фамилия Шеккалиев — яркий пример тюркского ономастического пласта в русском фамильном списке. Её основа восходит к личному имени Шеккали, которое представляет собой сложносоставное слово. Первая часть «шек» (или «шекк») в тюркских языках может означать «сомнение», «подозрение», но в именах чаще всего выступает как сокращение от арабского «шейх» — старейшина, духовный наставник. Вторая часть — «али» — это вариант имени Али (вершина, возвышенный), одного из ключевых имён в исламе. Таким образом, Шеккали — это либо «Шейх Али», либо, по другой версии, человек, чьё имя несло оттенок «сомневающийся Али» (как прозвище, данное по характеру).

Словообразовательная модель здесь типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ев. Фамилии на -ев в русской среде обычно получали мужчины, чьи отцы носили имя или прозвище, оканчивающееся на мягкий согласный или на -й. Шеккалиев буквально означает «сын Шеккали», «принадлежащий роду Шеккали». Суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской административной среде, вероятно, в XIX веке, когда шла массовая паспортизация населения.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически сильно влияние тюркских языков и ислама: это Поволжье (Татарстан, Башкортостан), Северный Кавказ (особенно Дагестан, Чечня, Ингушетия), а также Казахстан и Средняя Азия. В русском контексте она чаще всего встречается у татар и народов Кавказа. Важная деталь: написание через двойное «к» (Шеккалиев) встречается реже, чем вариант с одним «к» (Шекалиев). Двойное «к» может выдавать более архаичное или диалектное произношение, где звук «к» под ударением или в стыке корней произносился твёрже и дольше.

Социальный статус предков Шеккалиевых мог быть разным. Имя Шейх-Али в прошлом часто давали детям в семьях духовенства или уважаемых старейшин, поэтому не исключено, что основатель рода был муллой, учителем или судьёй (кадием). Однако прозвище «Сомневающийся» (если верна вторая версия) могло закрепиться и за простым крестьянином или ремесленником, отличавшимся недоверчивым, осторожным нравом. Однозначно определить сословие без генеалогического исследования невозможно, но тюркская основа и арабский компонент указывают на связь с мусульманской культурной традицией.