Фамилия Шекутина — женская форма мужской фамилии Шекутин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шекут, которое могло образоваться от глагола «шекутать». В северных и сибирских говорах это слово означало «щекотать», а в рязанских — «чесать, скрести». Таким образом, прозвище Шекут могли дать либо человеку, который любил пошалить, пощекотать, либо тому, кто постоянно чесался (например, из-за кожной болезни). Вторая версия менее вероятна, но не исключена.

Словообразовательная модель проста: к основе Шекут- добавился суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шекутин, то есть сын Шекута. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, -я или согласный (сравните: Ильин, Фомин, Пушкин). Окончание -а в женской форме — стандартное для русских фамилий.

Интересно, что фамилия Шекутин встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает диалектную природу прозвища. В этих краях слово «шекутать» было в ходу, а значит, носитель фамилии мог происходить из крестьянской или посадской среды — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В некоторых источниках фамилию связывают с тюркским корнем «шек» (пятно, отметина) или с именем Шекут, якобы заимствованным из татарского. Но это сомнительная версия: во-первых, фамилия не распространена в татарской среде, во-вторых, русская диалектная основа объясняет её происхождение проще и убедительнее. Так что, скорее всего, предки Шекутиных — это русские крестьяне или ремесленники, жившие на Русском Севере, и фамилия их — прямое отражение местного говора.