Фамилия Шкутина образована от прозвища Шкута, восходящего к слову «шкут» (от голландского schoot). называли парусное военное или транспортное (реже рыболовное) судно, распространенное на Балтийском и Каспийском морях, Ладожском и Онежском озерах, на реке Волге. Первым шкутом в составе русского флота был 12-пушечный шведский "Виват", захваченный в 1702 г. в бою на Чудском озере. Таким образом, это прозвище относится к числу так называемых «профессиональных» именований, указывающих на занятие предка. Вероятно, основатель рода Шкутиных занимался постройкой подобных кораблей. Однако нельзя также исключить, что он был капитаном шкута, либо моряком. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкут, со временем получил фамилию Шкутина.