Прозвище Шкут восходит к голландскому слову schoot. называли парусное военное или транспортное (реже рыболовное) судно, распространенное на Балтийском и Каспийском морях, Ладожском и Онежском озерах, на реке Волге. Шкуты строили из сосны, ели или персидского дуба. В первой половине XVIII века шкуты строились на Волге в городе Балахне и использовались в качестве грузовых судов для Каспийского моря. Первым шкутом в составе русского флота был 12-пушечный шведский "Виват", захваченный в 1702 г. в бою на Чудском озере. Таким образом, это прозвище относится к числу так называемых «профессиональных» именований, указывающих на занятие предка. Очевидно, основатель рода Шкут занимался постройкой подобных кораблей. Однако нельзя также исключить, что он был хозяином корабля, либо моряком.