Фамилия Шкутенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которые в XVII–XVIII веках стали массово вытеснять более ранние прозвища и отчества. Суффикс -енко в украинской антропонимии изначально означал «сын» или «потомок», то есть Шкутенко — буквально «сын Шкуты». Сама основа Шкута — это прозвище, которое требует отдельного разбора.

Прямое значение слова «шкута» в украинских и южнорусских говорах — ободранная, содранная кожа, шкура. Но вряд ли прозвище давали за внешнее сходство с кожей. Скорее всего, речь идет о переносном значении. В диалектах «шкутой» могли назвать человека худого, изможденного, «кожа да кости». Либо же прозвище имело ироничный оттенок: так могли окрестить скрягу, который «со шкуры сдерет» лишнюю копейку, или, наоборот, человека, занимающегося выделкой кож — кожевника, скорняка. Параллели с фамилиями Шкуратов, Шкурин, Шкурко подтверждают, что корень «шкур-» был продуктивен в прозвищах, связанных с ремеслом или характером.

Менее вероятная, но лингвистически возможная версия связывает «шкуту» с диалектным «шкут» — так в некоторых областях называли вид речного судна, барку. Тогда прозвище Шкута мог получить судовладелец, лоцман или человек, работавший на сплаве. Однако эта гипотеза не подкрепляется широкой географией: фамилия Шкутенко встречается преимущественно на Левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина, Сумщина), где судоходный промысел был менее развит, чем кожевенное дело.

Географическая привязка фамилии к северным и центральным областям Украины указывает на казацкое или мещанское происхождение. В реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища с корнем «шкур-», но сама фамилия Шкутенко в известных документах XVII–XVIII веков пока не зафиксирована. Скорее всего, она оформилась позже, в XIX веке, когда фамилии на -енко стали давать не только прямым потомкам, но и просто жителям слобод и хуторов по прозвищу отца.

Таким образом, носитель фамилии Шкутенко может с высокой вероятностью считать своими предками либо ремесленника-кожевника, либо человека с характерной внешностью или нравом, получившего меткое прозвище Шкута. Иных, более экзотических трактовок (например, от тюркских корней) для этой фамилии не предлагается — она укладывается в стандартную восточнославянскую ономастическую модель без заимствований.