Фамилия Шкуденко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель была особенно распространена в Левобережной Украине (современные Черниговская, Полтавская, Сумская области) и означала «сын» или «потомок» человека, названного в основе. Таким образом, Шкуденко — это буквально «сын Шкуды» или «потомок Шкуды».

Основа фамилии — прозвище Шкуда. В украинских и южнорусских говорах слово шкуда имело несколько значений. Самое распространенное — «вред, убыток, порча» (ср. польское szkoda, белорусское шкода). В переносном смысле шкудой называли озорника, проказника или человека, от которого жди неприятностей. В некоторых диалектах слово также фиксировалось в значении «скупой, жадный», хотя это значение менее вероятно для прозвища.

Встречается и менее очевидная версия, связывающая фамилию с диалектным словом «шкуд» — так в некоторых регионах называли вид рыбы (например, уклейку или мелкую плотву). Однако эта гипотеза слабая: прозвище от названия мелкой рыбы встречается редко и обычно имеет уничижительный оттенок, который не подтверждается массовостью фамилии.

Интересно, что фамилия Шкуденко имеет прямых «родственников» в виде фамилий Шкуда, Шкудин, Шкудов, а также более редких Шкудёнок и Шкудкевич. Все они восходят к тому же прозвищу. Встречаемость фамилии сосредоточена в основном на востоке Украины и в прилегающих областях России (Курская, Белгородская, Воронежская области), что подтверждает её украинское происхождение и миграцию носителей в XVIII–XIX веках.

По социальному составу предки носителей фамилии Шкуденко, скорее всего, относились к казачеству или крестьянству. Украинский суффикс -енко в малороссийских фамилиях до XIX века был маркером непривилегированного сословия, в отличие от польских или великорусских дворянских моделей. Никаких сведений о дворянском роде Шкуденко в исторических документах не зафиксировано.