Фамилия Шкудин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Шкуда — Шкудин, то есть «сын Шкуды» или «человек из семьи Шкуды». Основа здесь — слово «шкуда», которое в русских говорах имело несколько значений, и это делает фамилию неоднозначной.

Самая прямая и очевидная версия связывает прозвище Шкуда со словом «шкода» — вред, убыток, озорство. В диалектах чередование «к» и «ш» встречается, и «шкуда» могло означать того же, что и «шкода»: проказника, пакостника, человека, от которого жди неприятностей. Однако есть и другая, более редкая версия: в некоторых северных и сибирских говорах «шкуда» — это скупец, скряга. Третья возможность — связь с диалектным «шкудить» (болеть, хиреть), тогда прозвище мог получить болезненный или слабый человек.

Географически фамилия Шкудин встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к Курской, Воронежской и Ростовской областям. Это наводит на мысль, что прозвище закрепилось в южнорусской диалектной среде, где слово «шкуда» в значении «вредный, озорной» было в ходу. Встречаются также однокоренные фамилии: Шкудов, Шкуднов, Шкуд — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами.

Сословная принадлежность Шкудиных не фиксируется однозначно: фамилия не указывает на боярское или дворянское происхождение. Скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди. В документах XVII–XVIII веков эта фамилия нередка среди однодворцев — особой категории мелких землевладельцев на южных рубежах, что подтверждает её «южный» след. Сегодня Шкудины — люди самых разных профессий, но корень фамилии напоминает о прозвище, которое давали либо за характер, либо за поведение.