Фамилия Шкуднов — один из тех случаев, когда основа настолько редкая, что сразу бросается в глаза. В ней нет ничего от распространённых имён или профессий, и это подсказывает: перед нами прозвище, причём, скорее всего, диалектное.

Корень «шкуд-» в русских говорах имеет два основных значения. Первое — «скупой, жадный человек». В некоторых областях «шкудой» называли скрягу, того, кто «шкудится», то есть скупится. Второе значение — «хитрый, коварный, продувной». В псковских и тверских говорах «шкуда» — это пакостник, вредитель, человек, который делает гадости исподтишка. Оба значения укладываются в логику древнерусских прозвищ: их давали не обязательно за постоянное качество, а за яркую черту или поступок.

Суффикс «-ов» указывает на классическую русскую модель образования фамилий от прозвищ на твёрдый согласный. Первоначально Шкуднов — это «сын Шкудна», где Шкудн (или Шкуда) — прозвище отца. Форма «Шкуднов» закрепилась, когда прозвище перестало быть самостоятельным и перешло в разряд фамилий, обычно к XVII–XVIII векам.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, но встречается и в Поволжье. В дореволюционных записях носители Шкудновых — чаще всего крестьяне и мещане. Сословной элиты среди них не видно, что типично для фамилий, образованных от простонародных прозвищ с нелестным оттенком.

Если сравнивать с однокоренными, то в русских фамилиях есть Шкудин (от «шкуда»), Шкудов (от «шкуд»), а также более редкая Шкуднов. Отсутствие варианта с суффиксом «-ин» (Шкуднин) косвенно подтверждает, что основа — не женское имя и не прозвище на -а, а мужское «Шкудн» или притяжательное прилагательное. В украинском и белорусском языках аналогов почти нет, что делает фамилию преимущественно русской по происхождению.

Так что предки носителя фамилии Шкуднов, скорее всего, получили прозвище за не самый приятный нрав: либо за скупость, либо за склонность к мелким пакостям. Впрочем, в условиях деревенского быта такое прозвище могло закрепиться и иронично, за какой-нибудь единичный случай, а не за характер в целом.