Фамилия Шкуденков образована от прозвища Шкуденок, а точнее — от его полной формы с суффиксом -енок, характерным для восточнославянских фамилий. Этот суффикс указывал на молодое существо или на сына: Шкуденок — «сын или потомок Шкуды». Основа Шкуд- восходит к диалектному слову «шкуда» — так в ряде русских говоров, особенно на северо-западе и в Сибири, называли вредителя, пакостника, озорника, а иногда и скупого, прижимистого человека. В словаре Владимира Даля «шкуда» — это «пакость, вред, убыток», а «шкудить» — проказить, портить. Прозвище Шкуда мог получить человек, который досаждал окружающим шалостями или отличался мелочной бережливостью.

Географически фамилия Шкуденков редкая, её очаги — преимущественно Псковская, Новгородская и Тверская области, где диалектное слово «шкуда» было в ходу. Модель образования через -енков (а не через -ов или -ин) — признак фамилий, которые сложились из отчеств с уменьшительным суффиксом: не «Шкудин сын», а «Шкуденков» — то есть «сын маленького Шкуды» или «сын Шкуденка». Такой суффикс типичен для фамилий северо-западных и центральных регионов России, в отличие от южных, где чаще использовали -енко.

Встречаются варианты написания Шкуденков и Шкудёнков, но ударение в исходном прозвище падает на первый слог: Шкуда. По сословной принадлежности носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками — прозвища с бытовой, нередко насмешливой окраской редко давали знати. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII века, например, в Псковской губернии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шкудов, Шкудин, Шкуднов — показывает, что Шкуденков сохранил более архаичную словообразовательную цепочку, где суффикс -енок отсылает к прямому значению «детёныш» или «отпрыск». В современных говорах слово «шкуда» почти вышло из употребления, но фамилия осталась живым напоминанием о том, как метко и не без юмора наши предки давали прозвища.