Фамилия Шкунденкова — женская форма мужской фамилии Шкунденков. В основе её лежит прозвище или нецерковное имя Шкунда. Слово «шкунда» в русских говорах имеет несколько значений, что даёт две основные версии происхождения.

Первая и самая вероятная версия связывает прозвище Шкунда с ремеслом. В южнорусских и украинских говорах «шкунда» — это кожевенный мастер, скорняк или просто торговец шкурами. Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Шкунда + патронимический суффикс -енк(ов). Суффикс -енко, характерный для украинских и южнорусских фамилий, указывал на потомка («чей?» — «Шкунденко»), а затем обрусел до -енков. Таким образом, Шкунденков — это «сын Шкунды», то есть потомок человека, который обрабатывал кожи или торговал ими. Фамилия могла появиться в среде казачества или крестьянства на юге России, где кожевенное дело было распространённым промыслом.

Вторая, менее распространённая версия, отталкивается от другого значения слова «шкунда» — так в некоторых областях называли скудную, тощую или больную скотину. В этом случае прозвище давали невысокому, худощавому человеку. Однако эта версия слабее: прозвища по внешности чаще образовывались от более понятных слов (Сухой, Малой), а «шкунда» в таком значении — редкий диалектизм.

Интересно, что фамилия Шкунденков (и её женский вариант) почти не встречается в центральных и северных областях России. Основной ареал — Белгородская, Воронежская, Ростовская области, а также восток Украины. Это говорит о том, что фамилия сформировалась именно в зоне украинско-русского языкового пограничья, где суффикс -енко был нормой. В написании возможны варианты через «а» (Шкунданков), но они встречаются реже и, скорее всего, являются искажением при записи фамилии в документах.

Таким образом, предок носительницы фамилии Шкунденкова с высокой долей вероятности жил на юге, занимался кожевенным делом или скотоводством, а его потомки получили фамилию по характерному признаку рода занятий.