Фамилия Шкундин образована от прозвища Шкунда. Оно может брать начало от глагола «шкундувати», которое в переводе с украинского языка на русский означает «насмехаться». Вероятно, именование Шкунда отражает особенности характера его обладателя. Шкундой могли назвать насмешника, озорного и красноречивого человека. Кроме того, прозвище Шкунда может восходить к аналогичному украинско-белорусскому существительному со значением «кривая нога». В этом случае, именование Шкунда указывает на особенности внешности человека. Так и прозвище Шкунда закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шкундин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкунда, со временем получил фамилию Шкундин. Так, в документах белорусского происхождения упоминается Роман Лазаревич Шкундин, родившийся в 1903 году в деревне Шкундино Петровичского района Западной области.