Фамилия Шкунова — женская форма фамилии Шкунов, которая образована по простой и распространённой модели: основа плюс суффикс -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шкунов буквально означает «сын (или потомок) Шкуна». А вот что такое «Шкун» — здесь начинается самое интересное.

Самая вероятная версия — прозвище Шкун от слова «шкуна» (шхуна), то есть небольшое парусное судно. В русских говорах, особенно на Севере и в Причерноморье, «шкуной» могли называть не только само судно, но и человека, который на нём ходил: моряка, рыбака, лоцмана или судовладельца. Так что предок носителей фамилии мог быть связан с морем или речным промыслом. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Шкунов встречается в старых документах Архангельской губернии — традиционно поморском регионе.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза: связь с диалектным глаголом «шкунать» — в некоторых говорах это означало «хитрить, лукавить, обманывать». Тогда Шкун — прозвище хитреца или плута. Однако эта версия слабее: глагол редкий, а фамилия всё же тяготеет к северным территориям, где морская терминология была обиходной.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в центральной и северной России, а не на Украине или в Белоруссии (там была бы форма Шкуненко или Шкунович). Встречаются также варианты с другим ударением: Шкуно́ва (от прозвища Шкунóй) — но это уже местные особенности произношения.

Таким образом, фамилия Шкунова, скорее всего, хранит память о предке-мореходе или рыбаке, который ходил на шхуне. Это редкий случай, когда фамилия не крестьянская и не ремесленная, а связана с морским делом.