Фамилия Шкунникова — женская форма фамилии Шкунников, и её основа — прозвище или профессиональное именование предка-мужчины. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Шкунников). В основе лежит слово «шкунник».

Первое, что приходит на ум, — связь со словом «шкура». Шкунником в русских говорах могли называть скорняка, то есть мастера по выделке кож и мехов. Такое ремесло было распространено повсеместно, и прозвище по занятию давали часто: Скорняков, Кожевников, Шубников. Шкунников — из того же ряда, но с более узкой, диалектной огласовкой. В северных и сибирских говорах слово «шкура» и его производные звучали с «у» вместо «ы»: «шкура» вместо «шкура», отсюда и «шкунник».

Есть, однако, и другая версия, менее очевидная. В некоторых областях «шкунником» называли не человека, а... предмет. Например, в псковских говорах так могли обозначать большой деревянный ковш или черпак. Прозвище в таком случае мог получить либо мастер, делавший эти ковши, либо человек с крупной, «черпающей» фигурой или привычкой. Эта версия более редкая, но её стоит учитывать, особенно если фамилия встречается на северо-западе России.

География фамилии Шкунниковых (и Шкунниковой) довольно показательна. Она не относится к числу массовых, но стабильно фиксируется в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае. Это как раз зона бытования севернорусских говоров, где «шкура» произносилась через «у». Встречаемость в этих регионах склоняет чашу весов в пользу версии о скорняке или кожевнике: северные промыслы (охота, выделка шкур) были там основой хозяйства.

Словообразовательная модель проста: к основе «шкунник» добавили типичный патронимический суффикс -ов. Фамилия Шкунников — отчество второго порядка: «сын Шкунника». Соответственно, Шкунникова — «дочь или жена Шкунникова». Никакой экзотики в суффиксе нет, вся уникальность заключена в диалектной основе. Это фамилия, которая звучит как подсказка: ищи предка-ремесленника на Русском Севере.