Фамилия Шкунников — показательный пример того, как в русском языке прозвище, связанное с профессией или образом жизни, превратилось в родовое имя. В основе лежит слово «шкун» или «шкуна». Первое, что приходит на ум, — это «шкуна» как тип парусного судна. Однако здесь связь не прямая: прозвище Шкунник вряд ли давали моряку, скорее человеку, который имел дело со шкурами. В южных и центральных говорах «шкун» (или «шкура») могло означать кожу, шкуру животного, а «шкунник» — кожевника, скорняка или торговца кожей. Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -ник превратилось в фамилию на -ов, то есть «сын Шкунника».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «шкун» — это пренебрежительное название скупого, жадного человека, того, кто «держит шкуру» на своем добре. В этом случае фамилия отражала не ремесло, а черту характера родоначальника. Обе версии правдоподобны, но первая (ремесленная) встречается чаще: фамилии от названий профессий — один из самых распространенных типов в русском ономастиконе.

Суффикс -ник в основе указывает на то, что прозвище было активным в XV–XVII веках, когда такие формы (например, Плотник, Колесник, Скорняк) переходили в фамилии. Географически фамилия Шкунников тяготеет к регионам, где было развито кожевенное дело: центральная Россия, Поволжье, южные области. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Шкунников не выделяется как отдельная статья, но однокоренные фамилии (Шкунов, Шкурин, Шкуркин) хорошо известны. Шкунников стоит в том же ряду, но с более конкретной профессиональной окраской. Если сравнивать с фамилией Шкуратов, то Шкунников указывает на человека, который именно обрабатывал шкуру, а не просто имел с ней дело.

Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был кожевником или скорняком — ремесленником, чья работа требовала сноровки и терпения. Фамилия не дворянская, а народная, из среды посадских людей или крестьян, занимавшихся промыслом.