Фамилия Шкунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Шкунов образована от прозвища Шкун, которое, вероятно, восходит к нарицательному «шкун» - «чурка, деревяшка на штерте (веревке), для подложки под лапу якоря у борта» или «шкуна» - «мореходное судно с двумя наклоненными назад мачтах и особым шкунным вооруженьем». Вполне вероятно, что Шкуном прозвали морехода. В таком случае данное прозвище относится к числу так называемых «профессиональных» именований, указывавших на род деятельности предка. По другой версии, в основе прозвища лежит глагол «шкунить» - «скалить зубы; насмехаться». В этом случае прозвище Шкун мог получить веселый, насмешливый человек, шутник. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкун, со временем получил фамилию Шкунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Шкунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шкунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.