Фамилия Шекунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Скорее всего, в основе прозвища Шекун лежит морское понятие «шек», которое обозначает «нижний обвод, погиб корабельного носа, водорез». Видимо, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Вполне вероятно, что основатель рода Шекуновых занимался ремонтом морских судов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шекун, со временем получил фамилию Шекунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Шекунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шекунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.