Фамилия Шелкунов образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Шелкуна». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Шелкун. Что оно означало, сразу понять непросто: корень «шелк-» в русских говорах давал неожиданные значения.

В центральных и южных областях России «шелкуном» называли не просто торговца шёлком, а скорее щеголя, франта, человека, который любил одеваться нарядно, «по-шёлковому». Прозвище могло приклеиться к тому, кто носил дорогую одежду, выделялся из крестьянской среды. Но есть и другой, более прозаичный вариант: в некоторых диалектах «шелкун» — это звукоподражательное прозвище болтуна или того, кто «шелестит» языком, то есть пустомели. В ономастике известны случаи, когда подобные прозвища давали за манеру говорить быстро и невнятно.

Третья версия связана с ремеслом. Шелкуном могли прозвать мастера по обработке шёлка, ткача или красильщика. Однако эта гипотеза менее вероятна: для обозначения профессии в русском языке чаще использовали суффикс -щик (например, шелкоткач, шелкопряд), а «шелкун» — это скорее бытовая, прозвищная форма.

В исторических документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Вероятнее всего, Шелкуновы — выходцы из среднерусской полосы, где диалекты сохраняли слово «шелкун» в значении «щеголь». По сословной принадлежности это, скорее всего, крестьянский или мещанский род: прозвища, основанные на внешности или поведении, чаще всего закреплялись именно в этих средах.

Интересно, что фамилия Шелкунов не имеет отношения к однокоренным Шелковым или Шелковниковым, которые прямо указывают на материал или торговлю. Шелкунов стоит особняком — он про человека, а не про товар.