Шеркуновы — носители фамилии, в основе которой лежит прозвище, звучащее как Шеркун. Разбирать её логичнее всего с корня, который связан с глаголом «шеркать» или диалектным «шерхать». В северных и сибирских говорах это означало «тереть», «скрести», «чесать». Отсюда — «шеркун»: человек, который постоянно чем-то шуршит, скребёт, производит негромкий шум. Прозвище могли дать тому, кто возился с инструментом, строгал или чистил что-то, либо просто обладателю неспокойного, суетливого характера.

Модель образования простая и распространённая: прозвище на -ун (как Болтун, Молчун, Скакун) плюс патронимический суффикс -ов. Суффикс -ун в прозвищах часто указывал на деятеля — человека, склонного к определённому действию. Таким образом, Шеркунов буквально означает «сын Шеркуна», то есть потомок того, кого прозвали за привычку шеркать.

Интересно, что в некоторых говорах слово «шеркун» имело и конкретное предметное значение — так называли деревянный брусок с зарубками, которым терли коноплю или лен, отделяя волокно от костры. В этом случае прозвище могло перейти на мастера, который работал таким инструментом, либо на самого изготовителя «шеркунов». Это добавляет фамилии ремесленный оттенок: предки Шеркуновых могли быть трепальщиками льна или плотниками, делавшими сельскохозяйственный инвентарь.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Кировской и Архангельской губерниях — там, где был развит лён и где сохранилась архаичная диалектная лексика. Встречается и вариант Шерханов — с тем же корнем, но другой огласовкой. Связи с тюркскими языками, вопреки возможным догадкам, у Шеркунова нет: корень чисто славянский, звукоподражательный, от «шер-шер» (шорох, трение).