Фамилия Шкеркунов образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: сын Шкеркуна. В основе лежит прозвище Шкеркун. Как и в случае с другими фамилиями на -ун (вроде Болтунов, Ворчунов), суффикс -ун в русских говорах часто давал прозвища по действию или характерному звуку. Слово «шкеркун», скорее всего, восходит к глаголу «шкеркать». В южнорусских и украинских говорах «шкеркать» означало «скрести, царапать, скрипеть» или «издавать резкий, скрежещущий звук». Прозвище Шкеркун мог получить человек, который постоянно чем-то скрипел, например, телегой или дверью, либо тот, кто занимался скоблением, чисткой (скажем, шкур снятием — в кожевенном деле есть термин «шкерка»). Есть и менее вероятная версия, связывающая прозвище с диалектным «шкерть» — «щель, трещина», но она слабее, так как суффикс -ун активнее образует прозвища от глаголов.

С точки зрения географии, фамилия Шкеркунов встречается редко и преимущественно на юге России — в Ростовской, Волгоградской областях, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает южнорусское или украинское происхождение корня. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что говорит о её локальном, нераспространённом характере. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или ремесленниками, чьё прозвище закрепилось за родом без перехода в дворянское сословие. Написание фамилии устойчиво: с буквой «к» в середине, без вариантов вроде «Шкиркунов», хотя в устной речи возможна путаница.