Фамилия Шкерин образована от прозвища Шкер. В «Этимологическом русскоязычном словаре» М. Фасмера встречается слово «шкера» - «овца». Возможно, что так называли тихого, спокойного, смиренного человека. Однако не исключено, что Шкером называли пастуха. Существительное «шкер» имеет также значение «скала, утес». В таком случае прозвище Шкер было связано с местом жительства основателя рода. В «Токовом словаре живого великорусского языка» В. Даля значение слова «шкер» определяется как «морское прибережье, густо усеянное островками, с тесными проливами, проранами». Это слово было заимствовано из скандинавских языков, где оно было составной частью многих морских терминов: шкерная (флотилия финского берега), шкербот (плоскодонное перевозочное судно) и др. Вполне вероятно, что родоначальник Шкериных был моряком. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкер, со временем получил фамилию Шкерин.