Фамилия Шкерский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию, хотя обе заслуживают внимания. Начнём с самого вероятного.

Основной вариант — топонимический. Фамилия образована по модели «-ский», типичной для польской, украинской, белорусской и западнорусской шляхты и духовенства. Такие фамилии указывали на владение или происхождение из места с корнем «Шкер-». На карте Восточной Европы есть несколько сёл и урочищ с названием Шкеры (в Польше, Беларуси, на Волыни). Человек, переехавший из такого села, получал прозвание «шкерский» — то есть «из Шкер». В этом случае фамилия — чистый указатель на малую родину предка, без дополнительной смысловой нагрузки.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая логики, — прозвищная. В южнославянских языках (сербском, хорватском, словенском) слово «шкер» или «шкера» может означать «скала», «утес», а в диалектах — «острый камень». Прозвище Шкерский могли дать человеку, жившему в скалистой местности, или, в переносном смысле, — крепкому, «кремнёвому» по характеру. Однако эта версия слабее: суффикс «-ский» для прозвищ в южнославянской среде нетипичен, там чаще встречаются формы на «-ич» или «-ов».

С точки зрения словообразования, фамилия Шкерский стоит в ряду с такими же «географическими» фамилиями, как Шкловский (от Шклова), Шкодский (от Шкодер). Суффикс «-ский» здесь выполняет роль притяжательного или указательного суффикса, превращая название места в фамилию. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Шкéрский, хотя в устной речи нередко смещается на второй.

Сословно фамилия могла принадлежать как мелкой шляхте, так и духовенству — именно эти группы активно использовали «-ский» для самоидентификации. Однако документальных подтверждений принадлежности к конкретному сословию по фамилии Шкерский без генеалогического исследования нет. Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в пределах одного-двух уездов на западе Российской империи.

В итоге: если вы носите фамилию Шкерский, ваш предок с высокой вероятностью был выходцем из села Шкеры (или похожего топонима) на территории современной Беларуси, Украины или восточной Польши. Прозвищная версия возможна, но менее обоснована.