Фамилия Шкердина — женская форма, а её мужской вариант — Шкердин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово «шкерда». Это диалектное название растения — скерды, разновидности крестоцветных, сорной травы. В некоторых говорах «шкердой» называли и мелкую, негодную рыбу, которую выбрасывали из улова. Отсюда и прозвище Шкерда — его могли дать человеку невысокого роста, невзрачному или, наоборот, занимающемуся перебором рыбы.

Модель образования типична для русского Севера и Поволжья. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шкердин, то есть потомок Шкерды. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются на юге и западе, -ин характерен для северных и центральных областей России. Это косвенно подтверждает, что корни фамилии, скорее всего, из Архангельской, Вологодской или Кировской областей, где диалектное слово «шкерда» было в ходу.

Есть и менее очевидная версия: связь с глаголом «шкерить» — чистить рыбу. В таком случае Шкерда — это прозвище рыбака или торговца рыбой. Сравните с фамилиями Шкерин, Шкерёнов — у них та же основа, но разное суффиксальное оформление. Слово «шкерда» в значении «сорная трава» всё же более распространено в говорах, поэтому растениеводческая версия выглядит правдоподобнее.

Встречаемость фамилии Шкердина невысокая. Она редкая даже на Русском Севере. В документах XVII–XVIII веков носители могли быть крестьянами или посадскими людьми; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня фамилия встречается в основном в Пермском крае, Удмуртии и Кировской области — то есть в зоне, где пересекались северные и волжские диалектные традиции.

Таким образом, фамилия Шкердина происходит от прозвища, данного по внешности, занятию или месту жительства, и сохраняет в себе память о народных названиях растений и рыбном промысле.