Фамилия Шкергина чаще всего встречается на Русском Севере, особенно в Архангельской области и в Поморье. Её основа — прозвище Шкерга, которое в архангельских говорах означало «шкура, содранная с убитого тюленя», а также «небольшой кусок такой шкуры». Промысел тюленя был одним из главных занятий поморов, и прозвище мог получить либо сам зверобой, либо человек, занимавшийся разделкой добычи, либо тот, кто торговал тюленьими шкурами. Вероятно, прозвище было связано с профессией или с какой-то внешней особенностью — например, с грубой, «шкуристой» кожей.

Фамилия образована по стандартной севернорусской модели: к основе Шкерг- добавили суффикс принадлежности -ин, который указывал на родство — «чей сын?» — «Шкергин». Окончание -а в Шкергина — женская форма, в мужском роде фамилия звучит как Шкергин. Такая модель типична для фамилий, возникших в крестьянской среде: она проще и древнее, чем фамилии на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу, а не по прозвищу.

В этимологическом словаре Макса Фасмера слово «шкерга» не зафиксировано, но оно есть в диалектных словарях русского Севера. Близкие по звучанию фамилии — Шкердин, Шкерёдин, Шкерский — могут иметь общую основу, но их значения различаются: например, «шкерда» в псковских говорах — это «трещина, щель», а «шкер» в некоторых регионах — «скряга». Однако для Шкергина именно поморская версия выглядит наиболее обоснованной, поскольку фамилия устойчиво локализуется на побережье Белого моря.

В дореволюционных источниках фамилия Шкергин встречается в метрических книгах Архангельской губернии, особенно в Кемском и Онежском уездах. Носители фамилии были преимущественно государственными крестьянами, занимавшимися морским промыслом. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — это однозначно простонародная, «промысловая» фамилия, сохранившая память о суровом быте поморов.