Фамилия Шкердин — относительно редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое давали человеку по характерному внешнему виду или манере поведения. В основе лежит слово «шкерда» (или «шкерды»), которое в русских говорах, особенно в южных и западных регионах, означало нечто тощее, худое, щуплое. «Шкердой» могли назвать высокого и очень худого человека, либо, напротив, мелкого и тщедушного. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище Шкерда за свою худобу — то есть это была «говорящая» характеристика внешности, распространённая в деревнях.

Суффикс -ин указывает на модель образования «чей?»: Шкердин — это сын или потомок Шкерды. Такая патронимическая форма типична для фамилий, образованных от существительных мужского рода на -а: Шкерда → Шкердин. В ономастике это один из самых древних и продуктивных типов русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях. Если бы прозвище звучало как Шкердо, фамилия, скорее всего, приняла бы форму Шкердов, но вариант на -ин закрепился именно из-за мягкого окончания основы.

Любопытно, что слово «шкерда» имеет и другое, диалектное значение — так в некоторых местах называли сварливую, вздорную женщину. Однако для мужского прозвища, от которого пошла фамилия, эта версия менее вероятна: прозвища по внешности давали чаще и охотнее, чем по характеру, особенно если речь шла о физическом недостатке или особенности. В словаре Даля «шкерда» не фиксируется, но в региональных говорах Тверской, Псковской и Смоленской областей это слово бытовало. Географически фамилия Шкердин встречается в основном в центральной России и Поволжье, что согласуется с ареалом распространения подобных прозвищ.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим личностям — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвище было единственным способом отличить одного Ивана от другого. Редкость фамилии объясняется узкой локальностью исходного прозвища: «шкерда» не вошла в общелитературный язык, осталась в периферийных говорах и со временем почти исчезла из обихода.