Фамилия Шкертов завязана на прозвище или ремесло, но точное значение исходного слова «шкерт» зависит от региона и говора. Самый прямой путь — к глаголу «шкертить», который в южнорусских и украинских говорах означал «потрошить рыбу», «чистить её от внутренностей». Соответственно, Шкертом могли прозвать рыбака, занимавшегося разделкой улова, или торговца рыбой, который сам её обрабатывал. Эта версия — основная и самая естественная для фамилий, образованных от названий профессий.

Менее очевидный, но тоже возможный вариант — диалектное «шкерт» в значении «обрывок», «лоскут», «ветошь». В этом случае прозвище Шкерт мог получить либо портной, работавший с обрезками, либо неряшливый человек, ходивший в рваной одежде. Третья версия, редкая и локальная, связывает слово с западными говорами, где «шкерт» — это «кнут» или «плеть»; тогда прозвище могло относиться к человеку с резким, «хлёстким» характером.

Словообразовательная модель проста: к основе «Шкерт» добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на «сына Шкерта» или «человека из семьи Шкертов». Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению — такие фамилии на -ов обычно получали простые люди после отмены крепостного права в 1861 году, когда потребовалось массово закрепить за семьями родовые имена.

Географически фамилия тяготеет к югу России — к Ростовской области, Краснодарскому краю, а также к Украине, где рыбный промысел был распространён. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный, профессиональный корень: Шкертовы — потомки не просто рыбаков, а именно тех, кто занимался «грязной» работой по разделке рыбы. В отличие от фамилии Рыбаков, которая указывает на занятие в целом, Шкертов сужает специализацию, что делает её ценной для историков быта и ремёсел.