Скорее всего, в основе прозвища Шекун лежит морское понятие «шек», которое обозначает «нижний обвод, погиб корабельного носа, водорез». Видимо, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Вполне вероятно, что основатель рода Шекуновых занимался ремонтом морских судов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шекун, со временем получил фамилию Шекунов.