Скорее всего, в основе прозвища Шекун лежит морское понятие «шек», которое обозначает «нижний обвод, погиб корабельного носа, водорез». Видимо, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Вполне вероятно, что основатель рода Шекуновых занимался ремонтом морских судов. Также не исключено, что Шекун — это искаженное прозвище Шикун. В этом случае оно происходит от глагола «шикать». В некоторых диалектах глагол «шикать» также означал «шепелявить» или «шептать». Следовательно, прозвище Шикун (Шекун) могло быть образовано и от слова с этими значениями. В таком случае оно указывало на особенности речи человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шекун, со временем получил фамилию Шекунова.