Фамилия Шеркулов — редкий пример, где основа не сразу поддаётся однозначному толкованию. В ней слышен тюркский след, но точное значение зависит от того, на какой слог падало ударение в исходном прозвище и в каком регионе его дали.

Самый вероятный вариант — от тюркского имени Шеркул. Оно составное: «шер» (лев, тигр, смелый — из персидского через тюркские языки) и «кул» (раб, слуга, но в именах — «раб Божий», «преданный»). То есть Шеркул — «смелый слуга» или «лев-слуга». Такие имена-композиты (Аликул, Байкул, Назаркул) были распространены у узбеков, таджиков, каракалпаков и других народов Средней Азии. Суффикс -ов превратил это имя в фамилию по стандартной русской модели: Шеркул → сын Шеркула → Шеркулов.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Шеркул, связанного с тюркским «шеркулу» (сорняк, колючка, бурьян). В говорах южных степных областей так могли назвать человека за неуживчивый характер, худобу или неопрятность. Но эта гипотеза слабее: в ономастике личные имена-обереги от растений встречаются, но реже, чем составные имена с «кул».

География фамилии сегодня тяготеет к югу России и Средней Азии. В российских базах Шеркуловы встречаются в Оренбургской, Астраханской, Волгоградской областях, а также в Казахстане и Узбекистане. Это говорит о том, что фамилия, скорее всего, закрепилась за потомками тюркоязычных переселенцев или казахов, перешедших на русскую фамильную модель в XIX — начале XX века.

Словообразовательная модель проста: основа Шеркул + типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Ударение в фамилии, судя по произношению носителей, обычно падает на последний слог — Шеркулóв. Это косвенно подтверждает, что в основе лежало имя Шерку́л, а не прозвище с другим ударением.

В словарях Б. Унбегауна и А. Суперанской эта фамилия специально не разбирается, но она вписывается в обширный пласт русских фамилий тюркского происхождения, образованных от личных имён с компонентом «кул».